Petualangan pun dimulai. Mereka harus menemukan kembali para pinguin, dengan harapan mereka akan dapat kembali ke Amerika dengan menggunakan pesawat ciptaan para pinguin. Alex dan teman-temannya pun berhasil. Mereka bertemu kembali dengan para pinguin, tapi cara mereka menyebabkan kekacauan yang membuat mereka terjebak dalam kesulitan.
Datanglah Capten Chantel Dubois polisi pemburu hewan langka. Semua hewan langka yang bertemu dengannya pasti dibunuh dan kepalanya dijadikan hiasan di rumahnya. Segala upaya mereka lakukan untuk dapat lepas dari pengejaran para polisi pimpinan Capten Dubois ini. Polisi satu ini sangat hebat. Kemampuannya mencium aroma hewan-hewan langka membuatnya selalu bisa menemukan keberadaan Alex, Marty, Gloria, dan Melman.
Di tengah petualangan Singa, Zebra, Kuda Nil, Jerapah, Racoon, dan Penguin mencapai Amerika, tidak satupun dari mereka yang dibiarkan tertinggal atau mati. Mereka terus bersama-sama. Begitu juga saat mereka harus bergabung dalam kelompok hewan-hewan sirkus. Mereka selalu bersama-sama.
Sirkus mengantarkan mereka berkeliling ke negara-negara di Eropa. Selayaknya kehidupan sirkus lainnya, mereka hidup dari satu pertunjukan ke pertunjukan berikutnya. Di sinilah, Alex dan teman-temannya tercengang melihat kenyataan bahwa atraksi sirkus tidak lagi disukai penonton. Hingga dikejar-kejar oleh penonton yang meminta kembali uang tiket mereka. Melihat hal tersebut, Alex tidak bisa diam saja. Singa metropolis ini berusaha memberi semangat pada teman-temannya untuk mengubah pola pertunjukan. Tentu saja tidak mudah, dan Alex terus mencoba.
Vitaly (disuarakan Bryan Cranston), Gia (disuarakan Jessica Chastain), Stephano (disuarakan Martin Short), dan hewan-hewan lain dalam sirkus sudah memiliki karakter permainan. Sudah terbiasa dengan aksi-aksi pertunjukannya. Alex sangat berseberangan dengan Vitaly, si harimau sirkus. Tapi mereka harus selalu bersama karena mereka sekarang adalah satu tim yang saling mengisi.
Setelah menunggu dalam rentan waktu empat tahun dari Madagascar: Escape 2 Africa (2008), akhirnya Madagascar 3: Europe's Most Wanted datang menghibur kita. Penonton akan dibuat tertawa dari awal hingga akhir film. Berbeda dari Madagascar 2 yang lebih mengedepankan unsur drama. Hewan-hewan di Madagascar 3 penuh aksi dan atraktif. Selain itu, film garapan tiga sutradara Eric Darnell, Tom McGrath, dan Conrad Vernon ini sangat menegangkan, terutama aksi para hewan di pertunjukan sirkus dan usaha-usaha penyelamatan diri dari pengejaran Capten Dubois.
Masih seperti Madagascar (2005) sebelumnya, keempat sahabat ini harus berhadapan dengan kenyataan. Impian selalu membuat mereka bersemangat, dan pencapaian yang tidak mulus harus disiasati agar impian mereka tetap terwujud. Setelah berjuang dengan gigih mencapai Amerika, apa ya kira-kira yang akan empat sahabat ini lakukan setelah sampai di Amerika? Mari kita lihat aksinya.
